Det ursprungliga VA-teknik Södra skapades 2009 av VA-teknik LTH i samarbete med kommunalförbundet VA SYD och företagen Hydrotech, VA-ingenjörerna och Primozone. I samband med uppstarten av VA-teknik Södras andra period tillkom ett universitet (Vatten Miljö Teknik vid Chalmers), ett företag (AnoxKaldnes) och två kommunala VA-verksamheter (NSVA och Gryaab). Samtidigt formaliserades reglerna för medlemskap i VA-teknik Södra och sedan dess har flera nya medlemmar tillkommit. Först in var Laholmsbuktens VA, Trollhättan Energi och DHI som ingick i VA-teknik Södra vid den tredje periodens början och sedan dess har Kretslopp&Vatten/Göteborgs stad, Kalmar Vatten, Hässleholms vatten, Västvatten, Lidköpings kommun, Kungsbacka kommun och EnviDan gått med i VA-teknik Södra. Medlemsföretagen Hydrotech och AnoxKaldnes ingår numera i Veolia Water Technologies och VA-ingenjörerna ingår i EnviDan. I nuläget består VA-teknik Södra av medlemmar från två universitet, fyra företag och elva kommunala VA-verksamheter.
Basen i programmets verksamhet är även i fortsättningen på universiteten i Lund och Göteborg. Avsikten är att ge plats för fler kommuner och vattentjänstbolag i programmet och VA-teknik Södra vill också i fortsättningen ta in nya aktiva företagsmedlemmar.
2009-2012
Under programmets första period var fokus på utveckling av reningsteknologier för komplettering av befintlig kväve- och fosforavskiljning. Här kan som exempel nämnas avskiljning av läkemedel och organiska miljöstörande ämnen, nya metoder för rejektvattenbehandling och metoder för att uppnå långtgående fosforavskiljning. Vidare ägnades stor kraft åt energieffektivisering i vid bemärkelse på reningsverk.
2012-2015
Under programmets andra period hade de tidigare ämnesområdena fortsatt stor tyngd och utgjorde de viktigaste områdena för fortsatta aktiviteter, men även andra utmaningar ingick, såsom framtidens VA-infrastruktur i ljuset av klimathotet och behov av renovering av rörnätet, utveckling av morgondagens infrastruktur för hantering av dagvatten och spillvatten samt rening av dagvatten.
2015-2018
Under den tredje perioden strukturerades arbetet delvis om och organiserades under tre fokusområden; Framtidens avloppsvattenrening, Energi och Resurshushållning samt Klimat Samhälle Vatten. Denna nya struktur var en nödvändighet i det nya utvidgade VA-teknik Södra för att medlemmarna med större kraft och fokus skulle kunna engagera sig i projekt samt för att, inom de områden som parterna har identifierat, finna lösningar till framtida utmaningar. Samarbetet med övriga högskoleprogram ökades och konkretiserades under denna period. Ett påtagligt resultat av detta är den nationella Vattenforskarskolan som de fyra klustren tillsammans med forskningsbolaget Sweden Water Research framgångsrikt initierade 2016. Vattenforskarskolan har attraherat många medlemmar och har ett gediget kursutbud samt ett mentorsprogram.
2019-2021
Under den fjärde perioden fortsatte arbetet att vara organiserat i de tre fokusområdena och flera större forsknings- och samarbetsprojekt genomfördes. Ämnesmässigt tillkom bl a urban vattenplanering, tillskottsvatten och bräddning, aerobt granulärt slam, systematiskt arbete för hållbar avloppsvattenrening samt återvinning av vatten. Ett koncept för en kombinerad utbildning för processingenjörer, nätverksbyggande och benchmarking – Processbänken – togs fram som en särskild satsning. Den första träffen inom Processbänken genomförs våren 2022. En vision för VA-teknik Södra arbetades fram under perioden och en kommunikationsplan togs fram.